Подземные водоносные горизонты подразделяются в зависимости от залегания и питания на верховодку, грунтовые воды со свободной поверхностью, безнапорные межпластовые и напорные (артезианские) слои. Также по условиям и породам движения воды различают циркулирующие в рыхлых породах (песчаные, гравийные или галечные) и в трещинах скальных пород. Все водоносные слои располагаются между двумя водоупорными слоями, нижний из которых называют подошвой.
Верховодкой называют наиболее близкие к поверхности земли водоносный горизонт. Из-за своей близости к почве (3-7 м), а также маленькую толщину верхнего водоупорного слоя она очень быстро загрязняется стоками, химикатами и прочими отходами. Именно поэтому данный горизонт очень не желателен для использования в пище. Кроме того, уровень верховодки зависит от осадков, а потому очень часто в жаркое лето такая скважина может пересохнуть. При бурении скважины на воду верховодку тщательно изолируют обсадными трубами.
Грунтовые воды со свободной поверхностью находятся ниже уровня верховодки, опираясь на ближайший мощный водонапорный слой. Часто такой горизонт сложен из крупнозернистого песка или трещиноватых скальных пород и в основном пополняется за счет инфильтрации верховодки и других стоков, поэтому воду из этих горизонтов следует особо тщательно очищать и постоянно проверять на соответствие санитарным нормам.
Наиболее подходящими горизонтами считаются напорные (артезианские) или безнапорные водоносные слои, расположенные между двумя мощными водоупорными слоями. Благодаря надежной защите эти воды считаются самыми чистыми именно отсюда берут воду для пищевой промышленности. Эти водоносные слои питаются за десятки километров от места бурения, однако в той местности, где артезианский водоносный слой получает питание, он становится грунтовым со свободной поверхностью, или межпластовым грунтовым безнапорным.